Sukces I Konferencji zachęcił nas do podjęcia starań dla kontynuowania tego przedsięwzięcia. Przygotowaliśmy więc II Konferencję naukową z okazji II rocznicy śmierci sługi Bożego Jana Pawła II. Minęły już dwa lata od śmierci naszego umiłowanego Rodaka. Był czas na to, by opadły emocje, a ludzie wrócili do normalnego życia. Pozostaje jednak nasza obietnica, którą daliśmy jemu, że będziemy uczyć się żyć i tworzyć naszą rzeczywistość, sięgając do jego mądrości, jego nauki, jego świadectwa.
Z nauczania Jana Pawła II wybraliśmy jedno z podstawowych pytań - jest to pytanie o ludzką wolność i - co za tym idzie - o właściwe używanie wolności. Problemem zwłaszcza w krajach dawnego bloku sowieckiego (ale nie tylko) jest traktowanie wolności, jako wartości absolutnej bez odniesienia jej do wymiaru etycznego, zwłaszcza powiązania z prawdą i dobrem. Człowiek współczesny - europejski - koncentruje się na samej wolności. „Mówi się: ważne jest, ażeby być wolnym i wykorzystywać tę wolność w sposób niczym nie skrępowany, wyłącznie według własnych osądów, które w rzeczywistości są tylko zachciankami" (Pamięć i tożsamość, s.42). W związku z takim rozumieniem wolności Jan Paweł II dąży do ukazania prawdziwej wolności, to jest wolności, która znajduje swoje miejsce w odniesieniu do prawdy i dobra. W książce „Pamięć i tożsamość" tak pisze: „Wolność jest sobą, jest wolnością w takiej mierze, w jakiej jest urzeczywistniana przez prawdę o dobru" (s. 51).
Wolność przejawia się we wszystkich wymiarach życia osobistego i społecznego. W ramach tej konferencji ukazaliśmy wolność w trzech istotnych obszarach życia: ekonomii, kulturze i nauce. Podobnie, jak w roku 2006 rytm konferencji wyznaczały pary wykładów, które odnosiły się do poszczególnych przestrzeni wolności:
- Prof. zw. dr hab. Krzysztof Luks, EUH-E - Wolność w sferze polityki i gospodarki.
- Ks. dr Stanisław Fel, KUL - Wolność ekonomiczna z perspektywy celu gospodarki.
- Dr hab. Leszek Korporowicz, prof. UJ, SW im. B. Jańskiego - Kultura jako sumienie cywilizacji.
- Dr hab. Krystyna Czuba, prof. UKSW - Przymierze wolności i prawdy fundamentem kultury.
- Prof. dr hab. inż. Zbigniew Walczyk, PWSZ - Wolności akademickie. Aspekty prawne i historyczne.
- Ks. dr Marek Żmudziński, WSD, UWM - Wolność w nauce i jej konsekwencje etyczne.
Materiały pokonferencyjne zostały opublikowane w roczniku naukowym "Studia Elbląskie" Wyższego Seminarium Duchownego Diecezji Elbląskiej spis treści rocznika dostępny na stronie www.seminarium.elblag.opoka.org.pl 
